NVIDIA i partneri otvorili 3D strukture proteinskih kompleksa više od 2.800 virusa
NVIDIA je sa istraživačkim partnerima objavila veliki otvoreni skup predviđenih 3D struktura virusnih proteinskih kompleksa, sa ciljem da naučnicima omogući brži početak istraživanja kada se pojavi buduća epidemijska pretnja.
Otvorena baza za hiljade virusa
NVIDIA se pridružila koaliciji istraživačkih organizacija, među kojima su Google DeepMind i EMBL-EBI, koja je objavila predviđene 3D strukture proteinskih kompleksa za više od 2.800 virusa.
Podaci su dostupni istraživačima širom sveta kroz AlphaFold Database.
Strukture su predviđene pomoću AlphaFold2 modela kompanije Google DeepMind, uz optimizacije kroz NVIDIA BioNeMo Inference Runtime.
Zašto se radi unapred
Tokom pojave kovida naučnici su imali veliku prednost zato što su decenije prethodnog rada na koronavirusima već dale dovoljno znanja o ključnim proteinima da se vakcine razvijaju izuzetno brzo.
Istraživači upozoravaju da sledeća pandemija možda neće doneti isti nivo prethodnog znanja o patogenu.
Zbog toga je cilj projekta da se značajan deo osnovnih strukturnih podataka pripremi pre nego što nova pretnja preraste u globalnu krizu.
Alati su takođe otvoreni
NVIDIA objavljuje i BioNeMo Structure Prediction Pipeline, GPU ubrzani workflow koji je korišćen za generisanje skupa podataka.
Taj pipeline omogućava istraživačima da od proteinske sekvence dođu do predviđene 3D strukture za sopstvene ciljeve.
Tim je skalirao obradu na hiljade virusnih proteoma i predviđao komplekse, odnosno grupe proteina koji međusobno deluju i koje pojedinačni virusi kodiraju.
Izvori
Prikazani su izvorni linkovi korišćeni za proveru objavljenih činjenica.
Komentari
Komentari se objavljuju nakon moderacije.
Još nema objavljenih komentara.